A base metodológica do programa é o Benchmarking Industrial, técnica de diagnóstico, que foi adaptada à realidade do público-alvo do PQF. A ferramenta avalia empresas de pequeno e médio porte individual ou coletivamente, considerando indicadores de processos empresariais e desempenho. O sistema identifica oportunidades de ações coletivas, baseadas nos pontos fracos e fortes comuns entre os avaliados, o que aumenta a competitividade do grupo.